Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
Dogmaty:główneipoboczne
15
BOX
1.5
Sposobydoświadczalnegookreślaniastrukturybiałekikwasunukleinowego
(A)Określaniestrukturmolekularnychzapośrednictwemkry-
stalografiirentgenowskiejznanejestodponadwieku.
JohnKendrewiMaxPerutzjakopierwsizastosowalijądo
badaniabiałek,rozwiązującstrukturymioglobinyihemo-
globiny60lattemu.Odtegoczasuobserwujesięrozkwit
tejtechniki:90%wpisówwogólnoświatowejbaziedanych
ProteinDataBanktostrukturywyznaczonemetodamirent-
genografii.
(B)K.WüthrichiR.Ernstwykorzystalispektroskopięjądro-
wegorezonansumagnetycznego(NMR)dookreślania
strukturybiałekwlatachosiemdziesiątychubiegłegowieku.
NMRokazałosięalternatywądlakrystalografii,umożliwia-
jącąuzyskaniekomplementarnychinformacjinatematdy-
namikibiałek.
(C)Wostatnichlatachnastąpiłprzełomwbadaniach,wraz
zuzyskaniemrozdzielczościatomowejwmikroskopii
krioelektronowej(por.rysunek1.9).Niewymagaona
krystalizacjipróbki,jakmatomiejscewkrystalografiirent-
genowskiej,ponadtoniematamlimituwielkości,któryna-
rzucazkoleiNMR.Dlategoteżcorazwięcejinstytucjiwy-
posażasięwniezbędnysprzętioprogramowanie.
Wykorzystaniekomputerowegoprzetwarzaniadanychjest
niezbędnewewszystkichtrzechmetodach.Wprzypadkukry-
stalografiirentgenowskiejorazNMRprogramysąwymagane
dookreśleniamodelu,którybędzieodpowiadałpomiarom.
Wcryo-Emdaneprzedstawiająznacznąliczbęobrazówczą-
steczkiprzyróżnychorientacjach.Komputeroweprzypisanie
orientacjiobrazówumożliwiarekonstrukcjęunikalnejtrójwy-
miarowejstruktury.
Rysunek1.9.Mapagęstościimodelatomowydlawybranych
resztmiejscaktywnychwbeta-galaktozydazie-uzyskanych
zudziałemmikroskopiikrioelektronowej
[z:]Structure,Vol.26.BartesaghiA.,AguerrebereC.,FalconieriV.,Ba-
nerjeeS.,EarlL.A.,GrigorieffN.,MilneJ.L.S.,SapiroG.,WuX.,Subrama-
niamS.(2018).AtomicresolutionCryo-EMstructureofbeta-galactosida-
se.Structure26,84pp.8-856.(Copyright2018,zapozwoleniemElsevier)
Rysunek1.10.FosfofruktokinazazBacillusstearothermophilus,wiążącasubstratfruktozo-6-
-fosforan(F6P),kofaktorATPiefektorallosterycznyADP
.Enzymutrzymujesubstratikofaktor
wprawidłowejgeometriiwzględnejwceluuzyskaniaskutecznegotransferufosforanu.ADPma
zazadanieregulowanieaktywnościenzymu(wartozauważyć,żewiązanienastępujewmiejscu
odległymodmiejscaaktywnego).
Kompletnacząsteczkajesttetramerem,zktóregozaprezentowanotylkodwiepodjednostki.
Homologiczneenzymyussakówsąoktamerami
