Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
Przedmowadopiątegowydania
XVII
strzeni.Abymóczrozumiećtewzory,naukaskiero-
wałasięwstronęłączeniainformacjiwsieciianalizo-
waniaichstrukturidynamiki.Obecniedysponujemy
szeregiemnarzędzidoprzechowywania,wizualizacji,
analizowaniaiporównywaniasieci.Współczesnabio-
informatykaniemogłabysiębeznichobejść.
Badaniaizastosowaniadanychwymagają,abybyły
onedostępnewprzystępnejformie.Niewystarczytyl-
koichupublicznienie.Informacjemusząprzejśćtesty
kontrolijakości,adnotacji,jakrównieżnakładasięna
niepewnestrukturylogiczne,któreumożliwiająodzy-
skiwaniedanych.Dlategoteżtakdużozawdzięczamy
instytucjomzajmującymsięarchiwizacją,organizacją
idystrybucjądanych.Obecniemożnazaobserwować
pewientrendwkierunkuscalaniatychgrupwcelu
tworzeniawspólnychprojektówrozciągającychsięna
kilkakontynentów.Idączakoniecznościąintegrowa-
niabadańnadróżnymirodzajamidanych,zmierzamy
wkierunkutworzeniaarchiwówirepozytoriówzuni-
fikowanychdanychbiologicznychnadużąskalę.Zko-
leiindywidualnibadaczebędąmielimożliwośćzdefi-
niowaniawirtualnychbankówdanych,zapewniających
dostępdopotrzebnychiminformacji.
Głównezmianywrozprzestrzenianiuinformacji
sprowadzająsiędoprzejściaodbibliotekpapierowych
doelektronicznych.Ichkonsekwencjedlabadańna-
ukowychstanowiązaledwieelementrewolucjispo-
łecznej,któranastąpiławrazzpowstaniemsieciweb,
comożnaprzyrównaćdotej,któranastąpiła500lat
temuwrazzwynalezieniemdruku.
Naturalnymśrodowiskiembioinformatykijestin-
ternet.Abyosiągnąćswojecelenaukowe,większość
projektówrozpoczynasięodidentyfikacjiniezbęd-
nychdanychnajednejlubwielustronachinterneto-
wych.Następniepoddaniuichanaliziezazwyczaj
zwykorzystaniemnarzędzidostępnychwsieciweb
orazwyciągnięciuuzasadnionychwniosków,cofinal-
nieprowadzidopowstaniapublikacjiudostępnianej
równieżwinternecie.Jednakżepoważnymproblemem
zsieciąwebjestjejzmienność.Stronypojawiająsię
iznikająpozostawiajączasobąszeregnieaktywnych
odnośnikówdostron.Bazydanychsięrozrastają.Wie-
lenowychbazdanychdysponujeprzeróżnymimożli-
wościamiporządkowaniainformacjizróżnychźródeł.
Zmianywźródłowejbaziedanychmogąnastępować
powoli(aniekiedywogóle)wodniesieniudoźródeł
pochodnych,coskutkujepoważnymproblememwpo-
stacibrakuspójności.
Ztegowzględuniezwykleistotnejestznalezieniekil-
kubramsieciowych,któresąstabilne:nietylkoistnie-
jąnieprzerwanie,alerównieżsąaktualizowanecodo
zawartości,jakilinków.Zasugerowałemjużkilkata-
kichstron,aleistniejejeszczewieleinnychrówniedob-
rych.Problemniepoleganatym,abytworzyćdługą
listęprzydatnychstron–tegojużdokonanowielerazy
inienastarczatowielkichtrudności–leczabystworzyć
krótkąlistę,cojużniejesttakieproste.Stronahttps://
www.science.co.il/biomedical/databases/jestzarówno
wyczerpująca,jakiużyteczna.
Wszelkiebadaniaprowadzonenagrunciewspół-
czesnejbiologiiczymedycynyzależąwdużejmierze
oddanychorazprogramówdoichpozyskiwaniaiana-
lizowania.Dlategoteżuznano,żewszyscynaukowcy
zajmującysiębiomedycynąmusząposiadaćpodstawo-
weumiejętnościzzakresuprogramowania,jednakże
wdalszymciągutocząsięzażartedyskusjecodotego,
jaknależyinterpretowaćterminDpodstawoweumie-
jętności”.Wprzedmowiedoczwartegowydaniana-
pisałemmetaforycznie:Poglądwyrażonywtejksiążce
sprowadzasiędoprzekonania,żebiolodzymolekularni
działającygłównienapoziomielaboratoriumwystar-
czy,żezamoczązaledwiepalceustópwstrumieniu
wiedzy;cipracującynakomputerachbędąmusieliza-
moczyćsiędopasa;acispecjalizującysięwkompute-
rachiopracowywaniuoprogramowanidoświadczącał-
kowitegozanurzenia.Obecniepoglądtenuznałbymza
niewystarczający,mającnaponiższe.
1.Znacznywzrostilościirodzajówdanych.Tradycyj-
nestrumieniewejściowe,takiejaksekwencjeDNA,
oraznowe–takiejakzapasyRNAzależneodtka-
nek(transkryptomika).
2.Rewolucjawpodejściudodanych,polegającana
uznaniu,żestrukturadanychjestrównieważnajak
wartości(przesadnebyłobystwierdzenie,żeważ-
niejsza).
3.Różnesposobyponownegołączeniadanychumoż-
liwiająnowepodejścia.Przykład:łączeniesekwen-
